Для удаления организации перейдите в раздел Все организации - Управление организациями:

В открывшемся окне выберите организацию для удаления и нажмите кнопку Удалить:

Удалить можно только ту организацию, у которой еще не было отправок в контролирующие органы и заявлений на подключение.

Подтвердите действие с помощью кнопки Да: