Количество электронных подписей для работы с ЕГАИС должно совпадать с количеством обособленных подразделений юридического лица, имеющих уникальный КПП. В виду особенностей работы системы для каждой ЭП необходим отдельный аппаратный криптоключ (JaCarta PKI/ГОСТ/SE или Рутокен ЭЦП 2.0).