Для выбора сертификата УЦ ФНС в окне мастера создания заявления на подключение в поле Сертификат выберите вариант Использовать существующий сертификат, укажите место хранения сертификата На локальном компьютере и нажмите кнопку ОК:

В открывшемся окне Сертификаты укажите требуемый сертификат и нажмите кнопку Выбрать:

Выбранный сертификат отобразится в соответствующем поле:

Завершите отправку заявления.