Требования и уведомления от ФНС поступают в ту конфигурацию, из которой в последний раз была совершена отправка электронного документа. Если у одной организации есть несколько активных учетных записей с подключенным направлением ФНС в разных конфигурациях, требование может поступить в любую из них. Таким образом можно пропустить требование, в связи с чем нарушатся сроки формирования и отправки квитанции о приеме требования.
Настроить получение входящих сообщений от ФНС только в одну учетную запись можно двумя способами:
Способ 1. Отправить уведомление о получателе документов КНД 1167008 из учетной записи, в которую должны приходить требования и уведомления. После отправки данного уведомления все входящие сообщения от ФНС, включая требования и уведомления, будут приходить на учетную запись организации - отправителя уведомления.
Способ 2. Оставить направление ФНС только в одной учетной записи. Для этого отправьте заявление на изменение реквизитов из той учетной записи, в которой направление ФНС не нужно. В заявлении установите флажок Гос. органы (1), нажмите на список гос. органов напротив (2). В открывшемся окне снимите флажок Налоговая инспекция (3). Сохраните изменения, нажав кнопку Сохранить (4):

из конфигурации, в которой отключено направление ФНС, станет невозможна, но в другие оставшиеся контролирующие органы возможность отправки отчетов будет доступна.
В случае возникновения необходимости отправки отчета в ФНС из конфигурации, в которой было отключено направление ФНС, выполните выгрузку требуемого отчета, осуществите его загрузку и отправку из конфигурации с доступным направлением ФНС.
В случае одновременного использования для сдачи отчетности сервиса 1С-Отчетность и сервисов других операторов ЭДО (Такском, СБИС и т.д.) также могут возникнуть проблемы с поступлением требований только в одну из учетных записей. Для получения требований и уведомлений только в сервис 1С-Отчетность отключите направление ФНС от учетной записи других операторов ЭДО.
Использовать одну учетную запись в разных базах / конфигурациях крайне не рекомендуется.